1416年，圣方济各在那不勒斯附近保拉城诞生，所以后人称他为方济各保拉。
圣人的父母，家道贫寒，热心敬主，婚后多年，没有子嗣，常求圣五伤方济各转祷，后来果然育一麟儿，就奉圣五伤方济各为主保，取方济各为领洗名。
方济各13岁时，在圣玛谷方济各修院读书，一年后随父母前往罗马、亚西西等地朝圣。朝圣回来，请求父母准他弃俗修道。
方济各在城外隐修了一个时期，往海滨选了一个幽僻洞窟，远离尘嚣，独居隐修。那时他只有15岁。
到了20岁左右，有两个人要跟随他修道，附近居民给他们盖了三间小房，旁边有一座小堂，三人每日在规定的时间到堂里唱经祈祷。
1436年，圣人正式创立“最小兄弟会”。17年内，门徒数巨增，圣人着手建造修院，编订会规，供修士遵守。圣人勤操苦行，以身作则。他住在洞窟的时期，以岩石为床。修院房屋竣工后他仍睡在地上或木板上，以石块为枕。到了老年的时候，方才在地上摊了一条席子。
方济各劝修士致力爱德和谦德，忏悔补偿罪过。除了一般修士的三大圣愿以外，最小兄弟会的会士还应矢发第四个圣愿：终年守斋，戒食肉类、蛋乳。圣人对大小斋异常重视，他郑重指出：斋戒是克制自己的最佳方法。
教宗保禄二世听到圣人时常发显灵迹，派一位神父到加拉皮亚去实地调查。那神父到了加拉皮亚，方济各正忙着和泥水匠一起工作。他一见教宗御使来到，连忙上前迎接。御使想用口亲方济各的手，方济各谦辞说道：“我怎么当得起!我应当亲你的手，你这双手献了30年的弥撒圣祭，确实尊贵非凡!”御使大惊，心想方济各与他素昧平生，怎么会知道他是一位神父，而且对他过去的历史，知道的这般清楚。
御使见修士们生活太清苦，坦直批评方济各的会规可能失之过严。方济各很谦逊地向他解释。为了证明天主赏赐心地诚实的人能够忍受这一切苦行，他赤手取了一堆烧红的炭，握了一会，方才放下，皮肤一点也没有灼伤。御使很钦佩圣人德能高超，回京奏禀教宗。1474年，方济各的修会正式获得教宗批准。
那时，方济各收录的会士大多数是未受教育的人。会士中只有一位神父。最初修会的名字是：“方济各隐修士会”，后来改称：“最小兄弟会”，以示会士在天主的家庭，只是一个无足轻重的小兄弟。
圣方济各在意大利西西里等地设立分院。可是他的计划一度受到阻碍。那不勒斯王因为方济各坦言指责他的过失而怀恨在心，命人到加拉皮亚去逮捕圣人。官吏到了加拉皮亚，目观圣人所作所为的事，对圣人的伟大人格钦佩万分，空手回去，劝国王收回成命，撤销逮捕圣人的计划。
法国国王路易十一世患中风病，群医束手，病情重危。他原是一个贪生怕死的人，渴望在尘世多活几年，就派人去请方济各来京，从死神手中抢回他的生命。方济各最初不肯，后因国王一再催促，勉强应命前去。路易一见了他，双膝跪下，哀求圣人发灵迹救他不死。方济各坦直地对国王说：“君王的生命，在天主的手中。寿命长短，非人力所能左右。我们不防求天主治愈疾病，但是天主如不肯，我们应当服从祂的圣意。”方济各虽然是一个没有学问的人，但是他的话句句都说得中肯，不由的使国王大彻大悟。圣人给他预备善终，平安去世。路易的儿子查理八世很尊敬方济各，奉他为神师，良心上一切疑难的事，都请圣人解答，指点迷津。
圣方济各在法国工作了25年。1507年圣枝主日他突然感到不舒服，圣瞻礼五日，他召集会士，嘱他们爱主爱人，全守会规，接着按照本会规例，赤着双足头部系一根绳，领终傅圣事。第二天，耶穌受难瞻礼圣人与世长辞，享寿91岁。(最小兄弟会今多在意大利)。
方济各于1519年荣列圣品。